第一段：乘船离岛的经历 在第二季的结尾，杰克、凯特、索耶等人上了一艘船，离开了神秘岛屿。而第三季则将故事重心重新聚焦到了神秘岛上。这一季开场的剧情讲述了新角色朱利叶斯（Juliet）的故事，她是一位神秘组织的成员，因某个秘密被派往神秘岛上进行一项任务。与此同时，一些原本在岛上的人也被绑架，强行带离了神秘世界。
第二段：颠覆想象的新世界 本季沿袭前两季的一贯套路，不断地揭开主角们的历史，同时也不断引入一些新的奇妙元素。我们从另外一个角度透视了岛上的黑暗面，出现了更多关于“黑烟”、“巨人”、“神词”等神秘元素。同时，更重要的是，露西（Lucy）、卡姆（Cam）等新人物的出现，为岛上的故事注入了新的活力和纷扰。就连主角之一的约翰·洛克（John Locke）也在本季发生了天翻地覆的改变，他不再是那个追求信仰和灵性的冒险家，而是一个持刀杀敌、作恶多端的反派人物。
第三段：引领整个剧情发展的两大要素 岛上的故事仍沿用了前文的人物设定和各种谜团，但在本季中，两个要素尤为突出，引领了整个剧情的发展。 第一个是关于海内尔（Naomi）的情报和她身后的背景势力，这个外部因素让岛上的人们开始挖掘一罐埋在地下40年的氢弹，并有人试图启动这个东西。而另一个重要因素则是超越时空的“移动岛屿”——在本季中我们结识了一些新角色，他们来自未来或过去，背景都与移动岛屿密切相关。 本季的最后几集可以说是完美的惊险收官，千头万绪的世界观开始在本季串联。同时，为了给下一季留下暗示，剧情妙笔生花地为我们展现了干涉未来的后果和犬儒主义的观点。总之，每一集都值得精心品味，总结和推理。
